FSME-Viren werden mit dem Speichel einer stechenden infizierten Zecke übertragen. Warmblütige Wild- und Haustiere beherbergen das Virus. Von ihnen nimmt die Zecke es beim Blutsaugen auf.

Nach einer Inkubationszeit von fünf bis 14 Tagen beginnt bei etwa 30 Prozent der Infizierten die zweiphasige Krankheit mit grippeähnlichen, unspezifischen Symptomen wie Kopfschmerzen, Fieber und Schnupfen. In dieser Zeit endet die Krankheit, wenn der Organismus Antikörper bildet.

Bei ungefähr jedem dritten Patienten kommt es jedoch nach etwa einer Woche erneut zu Fieber. Der Erreger verursacht Infektionen der Hirnhaut, des Gehirns und des Rückenmarks (Hirnhaut-Entzündung = Meningitis; Entzündung des Gehirns = Enzephalitis). Von diesen Patienten sterben ca. ein Prozent. Jeder zehnte wird dauerhaft geschädigt. Je älter der Patient, desto schwerer verläuft die Krankheit.